先天性巨细胞病毒感染可导致智力低下，目前还没有特效药物治疗，先天性巨细胞包涵体病患儿病死率高,后遗症较多，尤其有黄疸,血小板减少,颅内钙化和肝脾肿大者预后不良，多死于肝硬变,存活者常遗留永久性的神经系统后遗症。但也有一些宫内感染的婴儿能够存活有没有明显后遗症，后天获得性巨细胞包涵体病多为自限性,预后较好.但原有严重的慢性消耗性疾病,器官移植,AIDS患儿或长期应用免疫抑制剂者预后不良。

常见的后遗症有感觉性神经性耳聋、智力运动发育障碍、甚至脑性瘫痪、癫痫、视力障碍、小头畸形、牙釉质钙化不全、慢性肺疾病等，其中感觉性神经性耳聋是最常见的后遗症，多在1岁左右出现，常为双侧性，并呈进行性加重。建议使用更昔洛韦是治疗CMA感染的首选药物，但该药仅能抑制病毒的复制，不能完全杀灭病毒，可以加强锻炼争抢身体机能免疫力力也是有效的治疗方式。