双侧巧囊是可以自然受孕的。患有双侧巧囊的女性卵巢的功能会受到一定影响，造成排卵困难的结果，这个时候是很难自然受孕的，但是并不代表不能自然受孕。患者可以考虑吃中药或者手术来进行治疗，缓解双侧巧囊的症状，提高自然受孕的几率。做试管婴儿的话，双侧巧囊进行一代试管就可以，具体情况还是要遵循医生的指导。