男方精子畸形，女方卵巢囊肿必须要做第二代试管。一般来讲，如果男方精子没有问题而女方卵巢囊肿选择一代试管就可以了，但是如果男方精子畸形，就必须选择第二代试管了，选择质量好的精子和发育正常的精子，这样才能提高妊娠率，也可以避免先兆性流产和胎儿畸形的可能。

随着科技的不断发展，试管移植的技术也越来越成熟，为了能够针对性的解决一些不孕不育的问题，除了一代试管以外，还延伸出了二代试管和三代试管，二代试管能够很好的解决男子精子异常的情况，如果存在男子精子畸形且活力差的情况，就必须做二代试管了，这样可以解决以下几种情况：

1. 1.  流产：精子畸形率高会导致流产。一般精子的畸形概率高，会比较容易对受精卵的质量造成影响，受精卵发育不好就会导致自然流产的概率增加。如果男子存在精子畸形率高的情况，想要降低自然流产的概率，就可以选择进行第二代试管移植；
2. 2. 提高成功率：只要能获得一颗健康精子，就有可能让女性成功怀孕。这是辅助生殖助孕领域里程碑式的突破，为广大男性不育患者带来希望。常规试管婴儿需要男性能提供足够数量的高质量精子，但第二代试管婴儿技术突破了这一限制；
3. 3. 优生优育：如果男方精子畸形，那么胎儿发育畸形的可能性较大，只有通过第二代试管提前选出不畸形和质量好的精子，这样能够有效的避免胎儿畸形的情况，符合优生优育的原则。

总之，当男方精子畸形且活力差，女方又患有卵巢囊肿的情况下，想要优生优育是必须要进行第二代试管的，这样才能提前规避风险，避免在怀孕后出现流产或者胎儿发育异常的情况，严重危害孕妇的身心健康，不过也不必担忧，现在第二代试管移植的技术是相对成熟的，成功妊娠的几率很高。

理论研究表明，试管移植是一项先进的辅助生殖手段，可以冲根本上解决不孕不育的难题，但是由于导致不孕不育的原因有很多，同时试管移植的手段也很多，这就需要患者结合自身的实际情况来进行选择了，通常情况下，如果选择了第二代试管移植，那么患者多半存在以下几种情况：

1. 1. 少、弱、畸精子症：少精弱精症在做试管婴儿时，可以通过第二代试管婴儿可以提高成功怀孕的几率，男性精子质量不好是造成不育症的主要原因。少精症也就是男性精子数量不足，无法达到生育的要求；
2. 2. 不可逆的梗阻性无精子症：梗阻性无精子症指睾丸生精功能正常，输精管道阻塞，精子输送障碍而导致不育，治疗可以采用第二代试管婴儿助孕，可通过附睾穿刺或睾丸穿刺取精。

总的来说，第二代试管婴儿能够很好的解决男子精子质量问题，如果女方还存在卵巢囊肿的情况下，是必须采用第二代试管的，第二代试管也是辅助生育历史上一个质的突破，为了能够更好的进行手术，在移植前可以通过调整饮食结构和作息习惯来提高精子的质量。