混血第三代会有缺陷。因为混血的显性基因比较多，并且是有好有坏的，在第一代的时候会出现优势互补的情况，所以表现出来的都是优势，等到第二代、第三代的时候，基因通常不太稳定，会具有更多的致病基因，从而表现出许多不同的性状，导致混血儿的患病几率要远大于普通孩子。

‌从生物学看来，混血儿第三代的基因会出现问题，因为母系遗传疾病基因和父系的很多疾病基因，根据目前医学水平都无法检测到，所以孩子出生之后会有一定的缺陷。并且混血基因组合的差异较大，就会导致混血儿身体的代谢功能的恶化和代谢速度的下降，容易导致许多健康问题。

不过由于存在个体差异，每个人的身体素质都会有所不同，所以说并不是所有的混血儿都存在基因缺陷的风险，这是主要由个人的实际情况来决定的，并且三代试管是可以帮助筛查部分异常的基因，因此孕妈们也不用过于担心，保持愉快心情，在家安心养胎，等待宝宝顺利出生即可，如果出现异常情况，及时就医。