驻马店市私立机构做三代试管生男孩不合法。国内不允许选性别，三代试管也要夫妻双方或者一方有那个遗传性疾病才可以去申请做第三代的，但是也是不能选择性别的。第三代试管婴儿他的主要目的是筛查遗传病，他在理论上是可以做到百分百方可以分辩出来是男生还是女生的。但是这也会带来性别比例失调的问题，所以目前不允许有其他特殊因素之外的性别鉴定和筛选。