可以通过手术、药物和中药的方式来治疗。囊肿要是不大的话对试管婴儿的影响不大，要是囊肿比较大的话，可能会对胎儿的发育有影响，最好是配合医生的指导通过药物的方式治疗，如果囊肿太大的话，只能通过手术来切除。毕竟在怀孕期期间吃药剂量多的话对胎儿也是有影响的，可能会导致胎儿的发育不正常，胎儿在腹中会出现疾病。

可以通过药物的方式治疗，对宝宝的影响是比较小的。不过你这种情况医生也会建议你先把囊肿治疗好再备孕，不然的话成功率会是比较低的，虽然不会对宝宝有影响，但还是会对自己的身体有伤害的，而且这种情况怀孕对自己的身体也会造成更大的压力。而且巧克力囊肿配合医生治疗的话，半年内是可以痊愈的。