输卵管积水，且有卵巢囊肿是不可以做人工授精的。据我了解，输卵管积水是由慢性输卵管炎症引起，积水里是含有毒性及微生物等物质，它是可以直接对胚胎造成伤害，影响受精卵着床，导致流产的。而卵巢囊肿，是会影响激素的分泌，影响胎儿的发育，同时也是造成女性不能怀孕的原因之一。这两种妇科病都是可以通过中西医结合治疗的，治疗后可以再做人工授精。

一般来说有这种疾病不建议做人工授精，有的输卵管里面有积水就代表存在炎症，有可能存在不通畅的现象，如果做了人工受精，精子肯定无法和卵子相结合，从而导致受孕失败。而且若是卵巢里面的囊肿比较大，也会影响到怀孕，所以为了安全起见，我觉得你还是应该要先把输卵管积水和炎症消除，必要时可以手术切除囊肿，然后再做人工授精。