我姐姐就得过巧克力囊肿，当时医生说是因为她的子宫内膜异位了，然后出血形成了囊肿，会影响她怀孕，必须要做手术治疗，但是我另外一个得了多囊的朋友直接促排怀孕了，所以两者还是有很大的区别的，建议你咨询一下医生，问清楚备孕需要先接受治疗，还是可以直接促排怀孕，毕竟医生才是专业的。

不是同一种疾病，巧克力囊肿，就是说子宫内膜异位使产生的囊肿，像是巧克力一样的颜色，而多囊卵巢是比较复杂的，是因为内分泌或者是代谢有问题才导致的疾病，两种病症也不太一样，巧克力囊肿基本上都是经期腹部很痛，腰酸无力，多囊卵巢大部分是月经量比较少，经期颜色发黑，严重者还会导致不孕，所以说这两种病从根本上也是有一定区别的。