北医三院会自然周期取卵的，但是进行自然周期取卵还是人工周期取卵主要还是要看女性的身体因素来决定的。因为有些女性时可能不能够自行排卵，就无法做大自然周期取卵，只能够通过药物进行促排卵，所以不管是自然周期还是使用药物取卵都是和女性的身体因素相关的。所以为了能够在自然周期中取卵，首先需要做的事情就是调整好身体，使月经规律性的来。

自然周期取卵的全过程

1. 1. 自然周期取卵是月经规律的女性进行的，监测卵泡后等发育到18-20mm进行取卵；
2. 2. 取卵时需要在阴超的引导下，用专门的取卵针穿过阴道穹隆直达卵巢在吸取卵子；
3. 3. 最后将吸取出来的卵子放在胚胎培养液中的培养皿中进行培养。

总之，北医三院是可以在自然周期中取卵的，只要患者的月经有规律性，或者是正好在月经期运气好的话进行自然取卵也不是没有问题的。