医生不建议有肠胃疾病的婴儿用益生菌，是因为在这时宝宝的肠胃比较敏感，吃了益生菌之后会加重症状。在婴幼儿时期宝宝的肠道未完全发育，肠道的菌群也没有完全建立，很容易出现肠道疾病，而益生菌就是活性微生物，如果继续给宝宝服用，就会导致宝宝肠胃功能紊乱，出现呕吐、腹泻、胀气、便秘等情况。

益生菌对于肠道只能起到一个辅助调理和保健的作用，不能代替药物，因为宝宝的肠胃疾病是病毒细菌感染引起的，因为婴儿的抵抗力比较弱，所以很容易被病毒侵害。这时就不能继续服用，减弱有害菌群，会引起宝宝肠胃的菌群失调，对宝宝是不利的。最好还是采取用药治疗，比如妈咪爱、小儿培菲康等药物针对性的治疗。

益生菌就是一把“双刃剑”，有好处也有坏处，一般在宝宝出现肠胃疾病时，一定不能继续服用，可以先进行治疗，等治疗好之后，在通过服用益生菌增加宝宝的抵抗力。同时还要注意宝宝平时的饮食，一般不能给宝宝喝隔夜、凉掉的母乳，从而帮助肠道的恢复。