胎儿畸形首先考虑是遗传因素导致的，是指来自父母亲的遗传物质的异常而造成畸形。如：父母染色体异常、父母携带突变基因等。有时是受精卵自身发生了染色体分离异常或基因突变。近亲结婚时，由于夫妻双方携带相同异常基因的风险增加，导致某些隐性遗传病的发病率显著增加，因此近亲不宜结婚或生育。

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造成胎儿畸形的原因众多，目前认为胎儿畸形和遗传因素、环境因素、综合因素等有关。其中遗传因素包括染色体异常或者基因异常等，环境因素则包括不良生活习惯、感染、辐射、使用药物、母体慢性疾病等。叶酸缺乏、孕妇年龄超过35岁、家族史等是导致胎儿畸形的高危因素。所以在备孕的过程当中，需要常规补充叶酸，并建议保持良好的生活习惯，避免吸烟、饮酒等不良爱好，饮食上也要以清淡为主，保证有足够的维生素以及蛋白质摄入。如果夫妻双方年龄较大或者之前有不良妊娠史，备孕前最好去做生殖方面的检查。如果在孕期通过超声发现有胎儿畸形的情况，需要及时就诊，以进一步明确胎儿畸形的原因及严重程度，判断是否可以继续妊娠，并可以为下次妊娠提供指导性建议。

试管婴儿畸形率并不会太高。概率和自然受孕概率相同，引起孩子出现畸形的原因主要是遗传因素、环境因素。使用三代试管婴儿在一定程度上反而会降低胎儿出现畸形的概率，三代试管中的遗传物质筛查技术能够有效筛查出一部分遗传、基因等原因导致的畸形。

胎儿畸形的主要原因

1. 1. 遗传因素：通过父母的遗传，将有异常的染色体数量、结构、基因缺陷等的问题遗传给小一代，而且这种原因目前只能通过三代试管婴儿进行避免，唐筛、羊水穿刺等检查可以检查出一部分畸形儿；
2. 2. 环境因素：胎儿发育过程中受到病毒感染、工业污染、射线损伤，药物刺激、长期营养不良都会引起胚胎细胞的基因突变等。

有专家表明从研究上看畸形儿出现的概率在试管婴儿和自然妊娠过程中是一样的。选择试管婴儿的家庭大可不必担心试管婴儿会增加胎儿畸形概率。