巧克力囊肿6.5cm应该先做手术处理。巧克力肿囊虽然一般不会自动消失,但是并非是肿瘤,只能称之为“肿块”,在小于五厘米前一般不会发生恶变,可以吃一些桂苓消瘤丸来抑制巧克力囊肿。大于五厘米还是要做手术的,可以做一个腹腔镜的治疗。在患有巧克力囊肿期间一定不能乱吃东西,否则会加重病情,要听从医生的诊断。