新疆军区总医院前身为国民党联勤总部第60医院,新疆和平解放后,1950年1月整编建院,历经10多次编制调整。
1986年,定编为兰州军区乌鲁木齐总医院。
2016年,隶属陆军建制,改称新疆军区总医院。
医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的大型综合性三级甲等医院,是新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团以及乌鲁木齐市医疗保障制度改革定点医疗单位。医院先后被表彰为"全国百佳最受消费者信赖的医疗机构、全军为兵服务医德医风满分单位、全军优质护理服务示范医院、全国医保工作先进单位",被国务院授予"民族团结进步模范集体"荣誉称号,在乌鲁木齐"风尚之巅"年度行业评选活动中,荣获"最受百姓信赖的公立医院"和"年度健康行业创新企业"殊荣。在国家统计局新疆城市社会经济调查大队和自治区消费者协会组织的"医生服务态度满意率"调查活动中,连续多年名列第一。在"新疆我的家"微信平台开展的民意调查中,被评为乌鲁木齐市民最满意的三甲医院。医院以"战备水平高、业务技能精、服务保障好、收费价格低"为建院目标,坚持"官兵满意、百姓放心、员工幸福"的服务宗旨,秉持"真诚、精业、厚德、至善"的院训,努力建设新疆一流医院。