第三代试管移植时抗甲状腺过氧化物酶抗体阳性对于移植肯定会产生影响的，因为抗甲状腺过氧化物酶抗体阳性如果能够及时去进行治疗容易导致自己移植的胎儿出现早产或者流产的情况，这个影响还是比较严重的，所以自己在进行试管移植之前应该要先治疗这个病症。这样才能够确保自己接下来的试管婴儿的成功率。

这边查到单凭抗甲状腺过氧化物酶抗体阳性这一项指标是无法影响到移植的，一般只要甲状腺功能没有问题，就可以移植。这边建议你可以去做一下甲状腺的功能，或者是去内分泌科看一下，如果医生说不用管，那你就不管它，直接等移植即可，如果要你用药调理，那就先服药，待调理好以后再去做移植，这样成功率会更高。