怀孕超过13周还能在社区医院建档。孕妇建档就是在医院创建一个孕期记录册，这个记录册里面会记录孕妇从怀孕到生产过程过所有的检查项目跟检查时间，还有一些孕期必备知识，一般情况下医生会建议孕妇会在5-12周之间去建档，超过13周也可以，不过尽量可以选择在16周以前，方便检测胎儿成长情况。

社区医院建档流程：

1. 1. 证件准备：夫妻双方应该带好身份证跟结婚证，有一些地方还会要求需要准生证跟居住证，可以提前打电话询问一下；
2. 2. 办理资料：到达所在社区医院后需要填写一些资料，然后缴纳费用，领取孕妇病历；
3. 3. 产检：产检这个过程需要挂号，且产检人数根据不同医院而定，可能会有等待的过程，孕妇需要做好心理准备，其内容会涉及测量血压、测量体重、胎音检测、验血、白带、尿常规等。

综上所述，怀孕超过13周是可以去建档的，但是由于建档的主要目的是记录孕妇从怀孕到生产的过程，如果迟迟不去会错过很多胎儿早期的检查，有时间的情况下可以尽快去办理。