户口在不在上海一样可以去医院建档体检的,医院只管检查不管别的一般户口不在上海带着居住证就可以了。但是未婚怀孕一般是不能够在医院建档的,但是可以做产检,所以建议你最好尽快的办理结婚登记,有了结婚证才能建档才能领取准生证,不然孩子就算生下来,也不能入户口,将来孩子在医院出生,出生证明也要写孩子父母的名字,否则将来孩子上户口,打疫苗,入学都会受影响。