怀孕40天被诊断宫外孕后流掉的最佳时间不超过49天，孕妇可以通过药物流产，但是需要排除药物禁忌症。并且胎儿的月份越大，药流效果就越不好，可以通过手术来流产。宫外孕因为胎儿在宫外，不能够进行药流的，只有怀孕在子宫理念的时候，才可以选择药物流产。宫外孕是指受精卵在子宫外妊娠，不能跟正常的胎儿一样正常的发育，女性要及时的做好流产的准备。在流产后，需要精心的调理，避免沾凉水。

一般的进行宫外孕治疗都是在发现后越早治疗越好，在40天的时候确实是属于宫外孕治疗的最佳时间，因为一般宫外孕都是在妊娠40天的时候通过B超才能检查出来。这个时候胚胎已经着床，但发育的体积不大，对身体的伤害最小。

在胚胎着床之前没办法确定孕囊的位置，因此是无法诊断是宫内孕还是宫外孕的。而宫外孕越早治疗对身体的伤害越小的原因有以下几点：

• 胚胎着床时间短，孕囊体积小，附件包块小于4厘米的时候，可以采取药物治疗，直接通过药物流掉胎儿对身体伤害最小；
• 附件包块大于4厘米后，孕囊发育体积偏大，会致使输卵管破裂，有切除输卵管的风险，影响以后的生育能力，严重者会危害生命；
• 越早治疗，治疗的手段越温保守，对身体的伤害越小，收费越少。

因此，对于宫外孕，如果是在40天诊断发现的话最好尽早安排治疗时间，流掉胎儿是最好的。但是如果宫外孕导致了腹内出血或者腹部剧痛的话，就应安排紧急手术治疗，争取将危害降到最小。