染色体常规检查发现16号染色体缺失不一定是自闭症。这个需要后期的检查才可以确定，但是染色体异常一定会对胎儿的发育造成不良影响，会增加胎儿畸形的发病率，需要到正规的医院做检查。并且要根据病因在医生的指导下进行治疗，16号染色体异常会造成相应的疾病，很可能就是自闭症，这样对您喝您的孩子都是不好的。