39岁备孕二胎除了做卵巢功能的检查还要做常规的检查，检查阴道内是否有炎症、感染的情况，子宫是否有异常，在进行染色体基因的检查和抗精子抗体的检查，最好在做一个内分泌的检查，男性也需要做一个精子质量的检查。女性一般达到35岁之后就被定为高龄产妇，身体的各项机能都有所下降，胎儿出现畸形的可能性会更高，所以在备孕以前一定要做好全面的检查。