出现嵌合体的原因有染色体丢失、细胞分裂后延迟、激素水平紊乱等。三代试管可以对胚胎进行遗传检查，排出可能致病的基因，但这种筛查也并不能完全的保障胚胎的健康，可能会出现一种特殊情况，也就是嵌合体胚胎，嵌合体胚胎可能会导致胎儿出现一些先天的疾病。

出现嵌合体胚胎的原因

1. 1. 染色体丢失，胚胎在进入子宫后，会受到子宫环境的影响，在着床分裂的过程中，可能会导致某部分染色体丢失，而后继续发育的胚胎就会出现嵌合体胚胎的情况；
2. 2. 细胞分裂后延迟，部分细胞的染色体出现了拷贝错误，且这种错误并不会直接导致细胞死亡，而是能够继续分裂，导致胚胎中部分细胞的染色体出现异常，也就是嵌合体；
3. 3. 激素水平紊乱，激素水平对于胚胎的影响是很大的，部分女性可能会因体内某类激素过多，对胚胎造成影响，并且破坏胚胎结构，使胚胎部分出现问题，这就会导致胚胎出现嵌合体。

总的来说，嵌合体胚胎多发于三代试管的患者，是因为其本身的染色体就存在异常，胚胎经过处理之后，依然不能避免染色体在后期发育过程中出现问题，一般来说，如果胚胎的嵌合体比例高于80%，就属于异常胚胎，不能移植。