医生在做试管婴儿的过程中是不知道胎儿的性别的，第一代和第二代试管婴儿实施过程中，医生和胚胎师完全不清楚胚胎的性别，医生只关注胚胎的质量。第三代试管婴儿是可以通过胚胎活检、遗传学检测来达到性别的选择，但是需要医生严格的技术准入资质和治疗适应症，只有夫妇可能生育与性别相关的遗传性疾病时才会实施。