生育津贴下来单位要扣除哪些要根据情况来看。按照国家对于生育保险的规定，用人单位是不能对生育津贴有任何扣除的，不过这是针对于员工没有领取产假工资的情况，如果领取了工资可以在协商一致的前提下扣除已发放的产假工资，以及产假期间公司垫付的个人五险一金部分。

生育津贴是国家为按时足额缴纳生育险的女性所补贴的生活费，这笔钱是由社保专项基金出，并不是由单位，所以这笔钱按照法律规定单位不得扣除任何部分，如果高于产假工资的部分公司不得扣留，如果低于产假工资的部分公司还要补差，不过也可以在协商一致的情况下扣除以下两种钱。

1. 1. 产假工资：一般在女性休产假期间产假工资和生育津贴是二选一的，如果在产假期间单位已经发放了产假工资，那么生育津贴下来后是需要扣除已发放工资的部分再发放给个人的；
2. 2. 五险一金个人部分：一般情况下生育津贴是直接全额转给员工，但是为了方便有的公司会直接扣除产假期间给员工缴纳五险一金的个人部分，不过这个操作需要得到本人允许，未经允许不得扣除。

如果是产假期间没有发放工资，在生育津贴中也没有扣除五险一金个人部分的情况，是需要个人补足或者是个人与单位协商一个方式扣除这笔钱，比如从复工后的工资里面扣也是可以的，总之拿到手的生育津贴一般单位是不能随意扣除钱的，任何扣除需要在个人知晓的情况下进行。